menu
person

КТЦ "Инлайн Груп"

 

Первый серийный отечественный секвенатор ДНК открытого типа

Необходимость разработки отечественного генетического анализатора была обоснована в 2020 году сотрудниками научнопроизводственной компании «Инлайн». Целью данной инициативы былa разработка современного оборудования для
развития методов молекулярно-генетических исследований в России.

  • Открытый
  • 7-цветный
  • 8-капиллярный
  • Комплектуется российскими реагентами
Технические и пользовательские характеристики
Количество капилляров 8
Формат планшета 96 х 0,2 мл
Количество каналов детекции флуоресценции 7
Лазер твердотельный
Мощность лазера 110 мВт
Длина волны лазера 488 нм
Диапазон напряжения 0,1 – 20 кВ
Диапазон и точность поддержания температуры 30-70 °С (+/- 0,03 °С)
Длина прочтения с точностью не хуже 98,5% до 750 нуклеотидов
Время стандартного фрагментного анализа до 450 нуклеотидов 25 минут
Максимальная анализируемая длина фрагмента ДНК (фрагментный анализ) не менее 1200 нуклеотидов
Масса не более 50 кг
Габариты, ШхГхВ 630 х 600 х 630 мм
Потребляемая мощность 300 Вт
Напряжение и частота сети 190-240 В; 50-60 Гц
Требования к компьютеру USB; Windows 10
Требования к внешним условиям температура 15-30°С, влажность 20-80 %
Открытость системы да, полностью открытая система, позволяющая работать с реагентами других производителей
Программное обеспечение русскоязычное
Возможность работы с программами других производителей да, автоматическая конвертация данных в форматы .ab1, .fsa
Гарантийный срок обслуживания 2 года

 

  • Обучение секвенированию и фрагментному анализу в группах и индивидуально
  • Пуско-наладка оборудования
  • Консультации специалистов
  • Бесплатное обновление программного обеспечения
  • Быстрый и доступный по цене сервис
  • Разработка наборов реагентов под задачи заказчиков
  • Экономически выгодные отечественные реагенты
  • Приборы «резерва» для замены в экстренных случаях
  • Организация и проведение «круглых столов» для пользователей

В России и ближнем зарубежье работают несколько десятков приборов

– оригинальная разработка российских учёных

Патент РФ № 2145078

Серийное производство в России с 2015 года

Компания «Инлайн» выражает благодарность Министерству образования и науки РФ за финансовую поддержку при создании прибора

 

Программное обеспечение прибора
Название ПО Функция
1 Программа управления прибором  Позволяет с помощью готовых протоколов:
  • управлять прибором – проводить пространственную и спектральную калибровки,
  • электрофорез сиквенсных реакционных смесей, продуктов ПЦР и геномных библиотек;
  • проводить сервисное обслуживание – замену капилляров, замену полимера, удаление пузырей, консервацию и подготовку к работе.
2 Программа анализа последовательности ДНК «ДНК Анализ» Проводит преобразование пиков сиквенсной реакционной смеси в последовательность ДНК. Автоматически конвертирует данные в формат *.ab1, что позволяет проводить аналогичный анализ в пакете Sequencing Analysis (ThermoFisher Scientific).
3 Программа фрагментного анализа ДНК «ДНК ФА» Проводит анализ длин фрагментов ДНК с использованием различных стандартов длин, а также количества коротких тандемных повторов с использованием аллельных лестниц, панелей бинов и аллелей. Автоматически конвертирует данные в формат *.fsa , что позволяет проводить аналогичный анализ в пакетах GeneMapper (ThermoFisher Scientific), PeakScanner (ThermoFisher Scientific) и т.п.
4 Программа анализа и редактирования результатов секвенирования ДНК «ПАР²СЕК» Предназначена для сравнительного анализа и редактирования последовательностей ДНК.

 

Сравнение технических и пользовательских характеристик приборов и 3500 Genetic Analyzer

Наименование, значение Разработка Инлайн 3500 Genetic Analyzer
Количество капилляров 8 8
Количество каналов детекции 7 6
Длина волны лазера, нм 488 505
Диапазон длин детекции флуоресценции, нм 510 - 710 525 - 650
Мощность лазера, мВт 110 25
Диапазон напряжения, кВ 0,1 - 20 0,1 - 19
Диапазон и точность поддержания температуры, °С 30 - 70 (± 0,03) 18 - 70 (± 1)
Возможность работы в неденатурирующих условиях ДА НЕТ
Открытость системы ДА НЕТ, RFID
Время готовности к работе после запуска, мин. 5 30
Вес, кг 47 82
Потребляемая мощность, Вт 300 1000
Габариты, Ш х Г х В, мм 630 х 600 х 630 610 х 610 х 720
Русскоязычное программное обеспечение ДА НЕТ
Гарантия 2 года 1 год

Сравнение качества секвенирования в области 500-600 нуклеотидов приборов и 3500 Genetic Analyzer

 

Прибор – ,
Длина капилляров – 50 см,
Полимер – ПДМА-6,
Программа обработки данных –
«ДНК Анализ», версия.5.0.2.5

Прибор – 3500 Genetic Analyzer
Длина капилляров – 50 см,
Полимер – POP7,
Программа обработки данных –
Sequencing Analysis, v.5.4

Аллельные лестницы, полученные на приборе с помощью наборов ведущих производителей реагентов для криминалистики:

Аллельная лестница из набора COrDIS Expert v4, ООО «Гордиз» (Россия).
Длина капилляров 36 см, полимер ПДМА-4, общее время анализа 8 образцов - 30 минут
Положительный контрольный образец из набора COrDIS Expert v4, ООО «Гордиз» (Россия)

 
Аллельная лестница из набора Investigator 24plex QS kit, Qiagen (Германия).
Длина капилляров 36 см, полимер ПДМА-4, общее время анализа 8 образцов - 30 минут
Аллельная лестница из набора GlobalFiler PCR Amplification kit, Thermo Fisher Scientific (США).
Длина капилляров 36 см, полимер ПДМА-4, общее время анализа 8 образцов - 30 минут
Аллельная лестница из набора PowerPlex Fusion 6C System, Promega (США).
Длина капилляров 36 см, полимер ПДМА-4, общее время анализа 8 образцов - 30 минут

Высокая воспроизводимость анализа на генетическом анализаторе

Фрагмент наложения 5 аллельных лестниц из набора GlobalFiler PCR Amplification kit, ThermoFisher Scientific (США)

Пренатальная диагностика

Диагностика трисомий
Электрофореграмма разделения продуктов амплификации исследуемой ДНК человека. Для локусов D21S1411 и IFNAR показано наличие трёх аллелей исследуемых маркеров. Выявлена трисомия по 21 хромосоме (синдром Дауна)
Диагностика трисомий
Электрофореграмма разделения продуктов амплификации исследуемой ДНК человека. Выявлена трисомия по половым хромосомам. Пол – XXY (синдром Клайнфельтера)

Диагностика наследственных заболеваний

Выявление мутаций, вызывающих синдром Ретта
Замена С>Т в положении p.R255X:

электрофореграмма, полученная на генетическом анализаторе
электрофореграмма, полученная на приборе ABI Prism 3130

Делеция del C в положении p.G232 fs:

электрофореграмма, полученная на генетическом анализаторе
электрофореграмма, полученная на приборе ABI Prism 3130

Выявление мутаций, вызывающих болезнь Паркинсона

Электрофореграмма исследуемого образца, полученная с использованием набора SALSA MLPA P052-C2 (MRC Holland)

Онкология

Диагностика наследственной предрасположенности к онкологическим заболеваниям

Пример диагностики предрасположенности к раку молочной железы с использованием набора EasySeq PCR plates for BRCA1 and BRCA2 screening (Nimagen).
Мутации в 9 экзоне гена BRCA1.

Оценка качества подготовленных библиотек для NGS

Пример успешной амплификации пула из 24 библиотек, проанализированного на приборе в неденатурирующих условиях. Оценка распределения библиотек по длине (неврологическая панель) для таргетного секвенирования. Пул библиотек находится в диапазоне 300-400 bp. Библиотеки приготовлены с использованием набора SeqCap EZ (Roche) и KAPA (Illumina).


Вернуться в раздел